猿と人間の抗争は核戦争に発展し、地球は荒廃してしまう。
わずかに生き残った猿と人間は、汚染を免れた土地で共存の道を選ぶ。
だが、猿の王シーザーによって、人間の自由は大きく制限されていた。
そして、2003年。

粗暴なゴリラのアルドー将軍は、「猿は猿を殺すべからず」と説く授業を妨害する。
人間の教師が「No」とたしなめると、猿たちの間に緊張が走る。彼は、かつて猿を脅すため
に用いられていた禁句を口にしてしまったのだ。逆上したアルドーは教師を追い詰めるが、
シーザーに制止される。

猿と人間の緊張関係に頭を痛めるシーザーは、死んだ両親に会って話をしたいと漏らす。
マクドナルド（前作の知事側近の弟）は、核爆弾で崩壊したかつての都市の頑丈な地下に、
コーネリアスとジーラの証言を収めたテープが存在すると教える。
シーザーは、マクドナルドと知恵袋のオランウータン、バージルを伴い、砂漠を横断して
廃墟と化した都市へと向かう。

記録保管庫に侵入した彼らは、1973年の大統領査問委員会のテープを発見する。
両親の証言から、地球が戦争によって3950年に滅亡することを知ったシーザーは、未来を
変えることを決意する。（何度も言うが、3978年。）

そこへ、廃墟に潜む人間たちが襲い掛かってきた。彼らは、未だに残留している放射能の
影響でミュータントと化していた。

シーザーたちは村に逃げ帰るが、ミュータントの斥候に尾行されていた。村の存在を知った
リーダーのコルプ知事（前作の警視正）は侵攻命令を下す。平和を唱える側近のメンデス
は反対するが、コルプは聞き入れない。

シーザーとリザ夫妻の息子、コーネリアスは、夜中に逃げ出したペットのリスを追って森に
入る。そこで、アルドーとゴリラたちのクーデター計画を聞いてしまう。
それに気付いたアルドーは、コーネリアスが乗っていた木の枝を切り落とし、コーネリアス
に瀕死の重症を負わせて逃走する。

ミュータントの侵攻部隊が近づいているのを知ったアルドーは、人間たちを檻に閉じ込め、
禁を破って武器庫から銃を持ち出した。シーザーは、コーネリアスの死を悲しむ間もなく、
アルドーに人間を解放するよう命じ、一触即発の状態に陥る。

その時、村に到着したミュータントの攻撃が開始された。シーザーも銃を手にして応戦し、
激闘の末ミュータントを撃退する。逃げ出したコルプらは、戦いに加わらず待ち伏せして
いたアルドーに殺される。

アルドーはコーネリアスを殺したことが露呈し、猿たちの怒りを買う。
「猿が猿を殺した・・・猿が猿を殺した・・・猿が猿を殺した・・・!!」
動揺したアルドーは樹上に逃げるが、シーザーに叩き落とされ絶命する。
「復讐のためなら殺しも許されるのか？」と問うシーザーに、バージルは「それは未来が
決める。未来を再建しよう」と答える。

シーザーは、人間に完全な自由を与えた。共に未来を築くために。

2670年、北アメリカ。
シーザーの死後600年。オランウータンの賢者が、猿と人間の子供たちにシーザーの物語
を聞かせている。その様子を見つめるシーザーの像は、静かに涙を流すのだった。