注）元々シリーズ化は想定されていなかったため、ここから様々な矛盾点が生じます。
　　赤字部分は矛盾点、カッコ内青字は筆者の解説ですが、ツッコミを入れるのが目的
　　ではないことをお断りしておきます。

行方不明になったテイラー隊を捜索するために送り出された宇宙船が砂漠に不時着した。
（光速飛行により地球とは何千年も時間がズレてしまうことは初めからわかっており、地球
へ戻れないことを覚悟の上の片道飛行だったハズ。）
宇宙船は半壊し、乗組員ブレントの手当てもむなしく船長は死亡してしまう。
大気圏突入前に確認した地球時間は3955年。（前作では3978年。）
どこかで時間を歪める“ハスライン曲線”を飛び越えてしまったらしい。
テイラー隊の軌道を辿ってきた以上、彼らも同じ目に遭っているに違いない。

そこへ、馬に乗った原始的な人間の女性が現れる。ブレントの呼びかけには答えないが、
彼女の首にはブレントと同じ認識票が下げられていた。それはテイラーのものだった。
（そんなものは持っていなかった。）
「テイラーを知っているのか!?」その言葉に激しく反応する彼女の脳裏に浮かぶ記憶。

あてもなく禁断地帯をさまようテイラーとノヴァは、突如目の前に噴き上がる炎の壁や稲妻、
地割れに行く手を遮られた。そこに怪しげな岩肌を見つけたテイラーは、ノヴァにジーラの
ところへ行くように言い聞かせると、岩肌の中に吸い込まれるように消えた・・・。

ノヴァは、ブレントを猿の村に連れて行く。
野外の集会場では、ゴリラのアーサス将軍の演説が熱を帯びていた。差し迫る食糧問題
の解決には禁断地帯への国土拡大しかない。だが、禁断地帯には何者かが潜んでいる
らしく、偵察隊が相次いで消息を絶っている。もはや武力占領あるのみ!!　侵略せよ!!

夫婦となったコーネリアスとジーラの家に忍び込むノヴァとブレント。
（前作で、ゼイウスに「異端の罪は禁固２年だ」と宣告されたのに、普通に暮らしている。）
言葉を喋る人間の再来に驚く夫妻は、ドッジとランドンが特異な標本として剥製にされ、
テイラーの消息は知らないと聞かせる。
そこへゼイウスが訪ねて来る。慌ててブレントとノヴァを隠す夫妻。
ゼイウスは、ジーラの集会での不遜な態度を諌めつつ、もしもの時は君達が科学を守れ
と後を託し、アーサス率いる侵攻軍と共に発つ。
（あれだけ頑なに科学文明を否定していたのに。夫妻が異端の罪を免れたことを見ても、
彼らは同じ秘密を知る共犯関係に陥ったということか。あれだけ絶大な権力を持っていた
ゼイウスが、アーサスに頭が上がらなくなってしまったのも謎だ。）

村を出たブレントとノヴァは、ゴリラの追跡を受け、禁断地帯の洞窟の中へと身を隠す。
そこはニューヨークの地下鉄跡だった。核戦争後の地球に来たことを悟るブレント。
奇妙な音に導かれ洞窟の奥へと進んでいくと、廃墟のような地底都市に辿り着く。
そこには、礼拝堂に安置された核爆弾を「神」と崇める人間たちが棲んでいた。

彼らは、侵入を繰り返してくる猿の目的が掴めず、ブレントから聞き出そうとする。
核爆弾が今も使用可能と見て取ったブレントは口をつぐむが、地底人の指導者メンデス
らのテレパシー攻撃を受け、猿が進軍していることを吐いてしまう。

禁断地帯に到着した侵攻軍の眼前では、偵察部隊が磔にされ炎に焼かれていた。
苦しむ彼らを楽にしてやれと諭すゼイウスだが、アーサスは「猿は猿を殺すべからず」と
いう賢者の教えを引き合いに出して拒否。すると、巨大な猿の賢者像が出現した。
ゼイウスは幻覚と見破り、偽の炎の壁を突破する。

地底人は礼拝を始め、マスク状になっていた顔をはがすと、ただれて血管が浮き出た
本当の姿を「神」にさらした。
ミュータントとなって今日まで生き永らえてきたことが、核爆弾信仰となっていたのだ。
メンデスは、猿に対して爆弾を使用することを高らかに宣言し、住人をシェルターに移す。

牢に入れられたブレントは、捕らえられていたテイラーと再会する。
地底人はテレパシーで二人を殺し合わせようとするが、逃げてきたノヴァが「テイラー」
と唸るように声を発したことに気を取られ、返り討ちに遭う。
ブレントから爆弾に「ＡΩ」と書かれていたと聞いたテイラーは、それが究極のコバルト
爆弾であることを知る。もしも使用されたら、連鎖反応で地球そのものが消滅してしまう。

洞窟を発見した猿の侵攻軍が地底都市に雪崩れ込んで来た。
破壊と殺戮の中、ノヴァが凶弾に倒れる。テイラーは絶望感に苛まれるが、ブレントに
説得され、地球を守るため礼拝堂へ向かう。

侵攻軍は、礼拝堂に突入してメンデスを殺すと、「神」を破壊しようとする。
止めに入ったテイラーは撃たれて致命傷を負い、ブレントも蜂の巣にされる。
テイラーは最後の力を振り絞り、コバルト爆弾の起爆スイッチを押し込んだ。

こうして、地球は消滅した。