1991年、北アメリカ。
徹底した管理体制化にある大都市。
アーマンドとシーザー（コーネリアスとジーラの子供）が、サーカスの宣伝に訪れる。
（前作でマイロと名づけられたのだが・・・。）
猿が奴隷として使役されている光景にショックを受けるシーザー。
1983年に宇宙飛行士が持ち込んだウィルスで犬と猫が絶滅したため、人類は猿を
ペットとして飼い始めたが、やがて訓練すれば使えることがわかったのだ。
人間は「Do！」（やれ）と「No！」（ダメだ）という言葉で猿に命令を聞かせていた。

警官が暴力的に猿を押さえつける様子を見たシーザーは、思わず「汚い人間ども!!」
と叫んでしまう。猿が喋ったと詰め寄る警官に、自分が言ったと取り繕うアーマンド。
シーザーの身代わりとなって出頭したアーマンドは、知事のブレックから厳しい尋問
を受ける。彼は、コーネリアスとジーラの子供が今も生きているのではないかと疑って
いた。あくまでもシラを切るアーマンドは拘留されてしまう。

もはやサーカスに戻れないシーザーは、港で陸揚げされる輸入猿の檻に紛れ込む。
シーザーは猿の訓練所を経て、優秀な猿としてオークションにかけられ、ブレックに
買い取られる。辞書から名前を選べと言われたシーザーは、自分の名を指し示す。

アーマンドは、コルプ警視正の過酷な尋問の末、ウソ発見器にかけられたため、窓
から身を投げて自殺する。そのことをブレックたちの会話から聞いたシーザーは、
誰もいない夜の街で涙を流し咆哮する。

シーザーの密かなる逆襲が幕を開けた。
彼は猿たちに反抗することを教え、アジトに武器となるものを集めさせていった。

コルプは、インドネシアからの積み荷の中に、現地にはいないはずのチンパンジー
が紛れ込んでいたことを突き止める。

捕らえられたシーザーは電流で処刑されるが、知事の側近マクドナルドの機転で
難を逃れ、死んだふりをしてブレックを欺く。黒人のマクドナルドは、奴隷の身分に
ある猿に同情していたのだ。

シーザーに率いられた猿たちの叛乱が遂に始まった・・・!!
夜の街を火の海に変え、警官隊を次々と蹂躙していく猿の軍団。
司令部に到達したシーザーは、ブレックを引きずり出す。
「暴力で自由が勝ち取れるのか？」と問うマクドナルドに対し、「明日には五大陸
の猿が立ち上がり、人類が滅亡するまで闘うだろう」と力強く応じるシーザー。

ブレックを取り囲んだ猿が彼を殺そうとすると、チンパンジーのリザが「No・・・」と
ただたどしく言葉を発する。シーザーは翻意し、「人間を許し、奴隷として生かそう」
と猿たちに語りかける。

シーザーは、今宵『猿の惑星』が誕生したことを、高らかに宣言するのだった。